
田所雄介博士是一位地球物理學家。他直覺地認為,根據地震的觀測數據,日本列島將會有災害發生,于是他便展開了調查。他與小野寺俊夫及助手幸長信彥助理教授一同乘坐潛水艇到達伊豆衝海底,發現海底出現異常的龜裂與亂泥流。田所繼續收集到的收據令他確信將會有災難發生,並得出唯一的一個結論。那就是「日本列島歷來最壞的情況——1年內的地殼變動導致大部分的陸地下沉到海中」了。
起初政府對這個結論抱著半信半疑的態度,後來猶豫了一段時間之後,便計劃發動「D計劃」——一個將日本國民及資產轉移到海外的方案。然而事態的發展正在以大大超出當初田所所估計的速度進行中。
各地相繼發生巨大的地震。幾乎停止了活動的休眠火山開始活躍起來。在已經被撕裂成碎塊的日本列島中,D計劃被拼命地推展……

暑假最後的那天夜晚,悄悄潛入學校泳池的淺羽直之與一位手腕上嵌有銀色球體不可思議的少女伊裡野加奈相遇。
新學期,伊裡野轉學來到淺羽的班級。
似乎不擅于與別人打交道的伊裡野,只有在淺羽的面前才可以敞開心扉。學校生活中,兩人的關係愈發親密起來。但是由于頻繁的在校內廣播中被提名,有時候發生了些不可思議的「反應」...
在這個時候總會出現一名身穿黑色衣服的男子??木夏本及時的使伊裡野擺脫窘境。難道伊裡野背負著什麼難以逃脫的宿命和重大的任務嗎...!?
不久,軍事基地要塞城市「園原」和新聞部一直想弄清的不明飛行物UFO的騷亂原因,在通過特殊戰鬥機「黑色防彈盾」和其駕駛員以及護衛部隊的存在這些事實,逐漸查明了真相...
伊裡野和淺羽苦惱的「UFO的夏天」現在才剛剛開始...

淺草的百年古道具店荻之屋裡住著一群付喪神,與一位貌似閻王的店主喜藏。
他們吵架斗嘴卻也相安無事的平凡日常,卻因為出手闊綽的神秘男子多聞上門而崩解。
付喪神一個個被帶走,喜藏卻無法抵抗,眼睜睜看著這些妖怪的生命一點點流失……
同時,淺草附近出現大規模妖怪作亂,外表色彩濃厚艷麗、專向女人下手。
畫師一下筆繪就,妖怪便躍于紙上,其實他畫的是內心的恐懼、懦弱與思慕,沒想到這些栩栩如生的妖怪竟讓原本的妖怪世界也不得安生,指派熟識人類世界的前貓妖小春下凡探案。
天狗、河童、硯台精、貓又、惡鬼,與一個鬼見愁人類喜藏,正摩拳擦掌面對妖怪襲擊的大動亂!